A kristálykoponyák pontos eredete és funkciója ma is ismeretlen, a világ egyik legnagyobb misztériumaként tartják számon. A legtöbb ősi kristálykoponyára a 19. században bukkantak Mexikóban illetve Közép-Amerikában, letűnt kultúráinak romjai körül – a rejtélyt, még napjainkban sem lehetséges igazán megfejteni -, készítőiket és rendeltetésüket mély titok veszi körül. Számos régész véleménye szerint ezek az ősi civilizációk nem rendelkeztek a kvarckristály csiszolásának tudományával, mivel ezt a tényt semmilyen bizonyíték nem támasztja alá. Vannak, akik a földön kívüliekkel hozzák őket összefüggésbe.
Bizonyos források szerint sámánok és egyéb beavatottak tisztában vannak a kristálykoponyák titkával, melyet szent ismeretnek tartanak, ezért nem hajlandóak köztudomásra hozni. Feltételezhető, hogy a kristálykoponyák kiemelkedő szerepet játszanak az emberiség spirituális fejlődésének útján.
Jelentős változás történt a kristálykoponyák tulajdonosainak életében, és azok az emberek is hasonló változást tapasztaltak, akiknek valaha módjukban állt megérinteni egyet. A kristálykoponyák jelenlegi birtokosai ismernek néhány legendát, melyek a korábbi őrzőktől származnak. Ezek javarészt egy ismeretlen, fejlett civilizációról szólnak, akik a kristálykoponyákban rejlő tudást az emberiség fejlődésének céljából hozták létre.
